1、发证单位不一样：《医师资格证》由国家卫生部统一发放；《医师执业证书》是获得了医师资格证书后申请的由当地卫生局发的。有效期不一样：《医师资格证》证书永久有效；持有《医师执业证书》人员，触犯有关条例后，证书会被注销注册。
2、《医师资格证》属于医疗技术方面的认可，证明持证人具有独立从事医疗活动的技术和能力。医师资格证是行业准入考试合格获得的证书。医师资格证考试是评价申请医师资格者是否具备从事医师工作所必须的专业知识与技能的考试。可以评价申请医师专业知识的能力。
3、《医师执业证书》表示允许你在某个医院行医，并规定了你的行医范围，这是一个行政方面的认可。该证书也是判定医师是否具有从医资质的最重要标准，没有获得执业医师证的所谓“医师”属于“非法行医