明朝的陪都主要有两座，分别是南京（应天府）和北京（顺天府）。 在明朝历史上，朱元璋最初定都南京（应天府），后朱棣迁都北京（顺天府），但南京仍保留陪都地位，并设有六部等中央机构。此外，明朝中期还曾短暂以凤阳（中都）作为陪都，但未长期维持。因此，最核心的答案是：南京是明朝的正式陪都，北京则是迁都后的实际首都兼陪都职能。
【常见问题】
问题1：明朝的陪都南京和北京哪个更重要？
回答1：明朝的陪都南京在迁都后仍保留完整的中央行政机构，负责南方事务，地位仅次于北京；北京作为实际首都，政治军事核心更强。两者在明朝双京制中分工明确，缺一不可。
问题2：明朝的陪都制度对现代有什么影响？
回答2：明朝的陪都制度（如南京的保留）影响了后世中国对首都与副中心城市的规划，现代南京的历史地位和文化遗产也源于此陪都时期的积累。
问题3：除了南京和北京，明朝还有没有其他陪都？
回答3：明朝早期曾设凤阳（中都）为陪都，但朱元璋后逐渐废弃；嘉靖年间短暂提升凤阳地位，但未完全恢复。因此，主要陪都仍是南京和北京。